L'Institut Supérieur de Biotechnologie de Béja est créé en 2006 par le décret N°1587 daté le 06 Juin 2006 qui concerne la création des établissements d'enseignement supérieur et de recherche. C’est un établissement public relatif à l'Université de Jendouba et placé sous la tutelle du Ministère de l'Enseignement Supérieur.